В каком банке выгодно открывать счет юр.лицам и индивидуальным предпринимателям? Знаю что крупные банки, например ВТБ берут очень большую плату только за открытие счета, а еще есть плата за операции, обслуживание через интернет и так далее. Возможно это удобно для крупного бизнеса, а что удобнее для малого?

Запомните, ВТБ - это банк, который ориентирован на крупных клиентов.
Средний размер депозитных вкладов по сравнению со Сбербанком в несколько раз больше. Простыми словами, клиенты ВТБ - более состоятельные люди.
Это касается, и кредитов, и депозитов, и таких мелочей как комиссия при открытии счета, которая для кого-то может быть существенной, а для кого-то менее существенной в силу того, что важна не комиссия при открытии счета, а комиссии, сопутствующие его ведение и так далее.
ВЕФК можете попробовать, или уже Петровский.
Еще достаточно неплохие условия в банке "Легион".

Есть разные банки. Есть банки кто берет плату за обслуживание, есть банки которые не берут плату за обслуживание клиента, только за онлайн-обслуживание. Некоторые редкие банки даже предлагают небольшой процент на остаток по счету.

cefp, очень сложно на основании представленных вами данных посоветовать конкретный банк.
Для того, что бы понять какой р/с и где открывать нужно ответить на следующие вопросы:
-как часто выы готовы появлятся в банке (т.е. необходимость подключения к он-лайн банку или интернет-банкингу - называйте, как хотите)
-как часто вы совершаете операции по счёте (т.е. необходимое колличестов платёжек)
-есть необходимость в обналичивыании денежных средств или нет. Если есть, то в каких объёмах.
-есть ли необходимость во внесении денежных средств на р/с. Если есть, как часто и в каких объёмах.
-какие дополнительные опции по р/с вам необходимы (например, получение выписок по счёту, оформление чековой книжки и т.д.)

Как видите, существует множество факторов, влияющих на конкретный выбор.

Кстати вспомнил пожалуй основной нюанс для банка - безопасность. К сожалению по этому критерию выгоднее всего крупные государственные банки. Потому что страхование не распространяется на организации. Если банк лопнет, то деньги пропадут.